Po Pirmojo pasaulinio karo, Komaro dvaras buvo išparduotas, o rūmuose įsteigta vaikų prieglauda, iki Antrojo pasaulinio karo priklausiusi vienuolėms šaritėms. Vokiečių okupacijos metais Gelgaudiškio dvaro rūmuose buvo įsikūręs štabas, vėliau – karo ligoninė. Po karo iki 1961 metų čia buvo vaikų namai .
1966-08-15 įkurta pagalbinė mokykla - internatas. Direktorius - Kazys Marozas. Direktoriaus pavaduotoja - Leonora Žibutienė. Mokėsi 100 mokinių, dirbo 18 pedagogų.
1992-08-05 pagalbinė mokykla-internatas pervadintas į specialiąją internatinę mokyklą.
1994-09-01 direktore paskiriama Nijolė Janonytė. Direktorės pavaduotoja mokymui - Genė Žilinskienė. Direktorės pavaduotoja auklėjimui - Dalia Kasperavičienė. Mokėsi 117 mokinių, dirbo 39 pedagogai.
1994-09-01 atidaryta pirma globos grupė Šakių rajono beglobiams vaikams.
1995-09-02 atidaryta antra globos grupė.
1995-09-01 pradėjo veikti profesinio rengimo dvi grupės. Direktorė Genovaitė Marija Smagurauskienė. Direktorės pavaduotoja mokymui - Birutė Navikienė.

Nuolat tobulėjantis specialiojo ugdymo centras, sudaro sąlygas vaiko psichinės ir fizinės raidos korekcijai, kompensacijai, asmenybės raidai, ir integracijai į visuomenę.

2019 m. rugsėjo mėnesio duomenimis mokykloje mokosi 77 mokiniai. Juos ugdo 25 pedagogai ir pagalbos mokiniui specialistai. Sukomplektuota 12 klasių komplektų ir 1 ikimokyklinio/priešmokyklinio ugdymo mišri grupė. Mokykloje veikia valgykla, biblioteka, įkurta kompiuterinių technologijų klasė, relaksacijos kabinetas. Dirba socialinis pedagogas, visuomenės sveikatos priežiūros, gydomosios kūno kultūros specialistai, psichologas, kineziterapeutas. Geras susisiekimas ne tik su rajono centru, bet ir su Vilniumi, Kaunu, Jurbarku. Gyvos ir gražios mokyklos tradicijos, puikūs sportiniai pasiekimai. Moksleiviai aktyviai dalyvauja įvairiose parodose, konkursuose, išvykose.
Mokykla dalyvavo '' Mokyklų tobulinimo programos plius" projekte "Specialiųjų mokyklų pertvarka, metodinių centrų steigimas" ir buvo atrinkta, kaip tinkama įstaiga, kurioje mokysis emocijų ir elgesio sutrikimų turintys mokiniai. Savo kompetencijas gilins pedagogai, praktinės patirties įgis studentai, konsultuosis tėvai ir globėjai.
2012 m. kovo 19 d. pradėjo veikti Gelgaudiškio specialiosios mokyklos padalinys - Neįgaliųjų dienos užimtumo centras Šakių rajono žmonėms su negalia.

Eilę metų mokyklos bendruomenė palaiko glaudžius ryšius su savo socialiniais partneriais, tai Kazlų Rūdos, Smalininkų, Kybartų ,,Rasos", Kėdainių, Raseinių ir Pasvalio specialiosiomis mokyklomis, Panevėžio "Šviesos", Švėkšnos "Diemedžio", Pungės specialiojo ugdymo centrais, Gelgaudiškio vaikų darželiu ,,Eglutė",  Gelgaudiškio bendruomenės centru ,,Atgaiva", Šakių rajono savivaldybės administracijos Vaikų teisių apsaugos skyriumi. Džiaugiamės turėdami puikius draugus. Tai:
- Specialiosiospedagogikos ir psichologijos centras
- Šakių socialinės paramos skyrius
- Šakių Vaiko teisių apsaugos tarnyba
- UAB “Uriga”
- UAB "Aibė"