Po Pirmojo pasaulinio karo, Komaro dvaras buvo išparduotas, o rūmuose įsteigta vaikų prieglauda, iki Antrojo pasaulinio karo priklausiusi vienuolėms šaritėms. Vokiečių okupacijos metais Gelgaudiškio dvaro rūmuose buvo įsikūręs štabas, vėliau – karo ligoninė. Po karo iki 1961 metų čia buvo vaikų namai .
1966-08-15 įkurta pagalbinė mokykla - internatas. Direktorius - Kazys Marozas. Direktoriaus pavaduotoja - Leonora Žibutienė. Mokėsi 100 mokinių, dirbo 18 pedagogų.
1992-08-05 pagalbinė mokykla-internatas pervadintas į specialiąją internatinę mokyklą.
1994-09-01 direktore paskiriama Nijolė Janonytė. Direktorės pavaduotoja mokymui - Genė Žilinskienė. Direktorės pavaduotoja auklėjimui - Dalia Kasperavičienė. Mokėsi 117 mokinių, dirbo 39 pedagogai.
1994-09-01 atidaryta pirma globos grupė Šakių rajono beglobiams vaikams.
1995-09-02 atidaryta antra globos grupė.
1995-09-01 pradėjo veikti profesinio rengimo dvi grupės. Direktorė Genovaitė Marija Smagurauskienė. Direktorės pavaduotoja mokymui - Birutė Navikienė.

Direktorės pavaduotoja auklėjimui - Dalia Kasperavičienė. Profesinio rengimo grupių pirmieji vadovai: Sidona Mikštienė ir Juozas Navikas. Mokėsi 125 mokiniai, dirbo 39 pedagogai.
2000-09-01 uždarytos globos grupės.
2002-10-03 laimėjusi konkursą direktore tampa Birutė Navikienė. Direktorės pavaduotoja ugdymui - Genė Žilinskienė.
2005 metais pakeistas mokyklos pavadinimas į Gelgaudiškio specialioji mokykla.
2006 metų rugpjūčio mėnesį mokykla atšventė 40 metų jubiliejų.
2009 metų rugsėjo 1 d. prasidėjo mokyklos šilumos ūkio renovacija.
2010 metų birželio mėnesį išleista paskutinė 12 - profesinio rengimo aplinkotvarkos specialybę baigusių mokinių grupė.
2011 metų rugpjūčio 26 d. mokykla paminėjo savo 45 metų jubiliejų.
Nuo 2014 m. rugsėjo 1 d. Šakių rajono savivaldybės tarybos 2014 m. gegužės 29 d. sprendimu Nr. T-192 „Dėl Gelgaudiškio specialiosios mokyklos struktūros pertvarkos“, pertvarkoma Gelgaudiškio specialiosios mokyklos struktūra, pakeičiant mokyklos tipą iš pagrindinės mokyklos tipo specialioji mokykla į pagrindinės mokyklos tipo specialiojo ugdymo centras ir keičiamas pavadinimas. Iš Gelgaudiškio specialioji mokykla į Gelgaudiškio „Šaltinio“ specialiojo ugdymo centras.
2016 m. rugpjiūčio 25 d. įstaiga šventė 50-ties metų jubiliejų.
2016 m. įkurta mišri ikimokyklinio ir priešmokyklinio ugdymo grupė.